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HPC20

[Ubuntu] HPC 설정 Ubuntu에서 HPC 세팅하기서버 구성 masterubuntu : 192.168.207.80 node01ubuntu : 192.168.207.81 node02ubuntu : 192.168.207.82 OSOS : ubuntu-20.04.4호스트 설정호스트 네임 설정# hostnamectl set-hostname --static masterubuntu노드 간 시간 동기(필요시 실시) 호스트 파일 설정echo '192.168.207.80 masterubuntu' >> /etc/hostsecho '192.168.207.81 node01ubuntu' >> /etc/hostsecho '192.168.207.82 node02ubuntu' >> /etc/hostsecho masterubuntu > /root/.rh.. 2024. 5. 14.
MPI compiler 연동 Open MPI 컴파일러별 연동 1. Open MPI 4 + gcc 82. Open MPI 4 + Intel(OneAPI 2024)3. Open MPI 4 + Intel(OneAPI 2023)4. Open MPI 4 + gcc115. OpenMPI 4 + gcc13 Open MPI 다운로드# wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.5.tar.gz# tar zxvf openmpi-4.1.5.tar.gz1. Open MPI 4 + gcc 8# cd /openmpi-4.1.5-gcc8// OpenMPI 에서 이용하고자 하는 Compiler 버전을 정확히 확인한다. // 현재 쉘에 적용된 gnu 버전이 정확히 무엇인지 확인(gn.. 2024. 4. 26.
One API(2023,2024) 수동 설치 One API (2024) 설치최신 버전인 2024 버전과 이전 버전을 같이 올리는 이유는 상용 소프트웨어들 중 호환이 안 되는 것들이 많기 때문이다. 2024 버전은 Intel cpu 외에 amd 에서도 쓸 수 있도록 바뀌어 나왔기 때문에 둘 중 상황에 맞게 사용하면 될 듯하다.HPC Tool KIT# wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/7f096850-dc7b-4c35-90b5-36c12abd9eaa/l_HPCKit_p_2024.1.0.560_offline.sh# sh l_HPCKit_p_2024.1.0.560_offline.sh -a -s --eula accept --install-dir /APP/hpc/compiler.. 2024. 4. 25.
atomsk(강력한 원자 구조 생성 및 변환 도구) ATOMSK소개Atomsk는 재료 과학 연구에서 원자 구조를 생성하고, 변환하는 데 사용되는 강력하고 사용하기 쉬운 커맨드 라인 도구입니다. 이 소프트웨어는 복잡한 결정 구조, 결함, 나노 입자 등을 모델링하기 위한 효율적인 방법을 제공하며, 고체 물리학, 나노기술, 지질학 등 다양한 분야에서 사용됩니다. Atomsk의 유연성과 다양한 기능은 연구자들이 실험적 연구를 보완하고, 새로운 물질의 특성을 탐색하는 데 필수적인 도구로 만들어줍니다.주요 특징다양한 구조 생성Atomsk는 간단한 명령어로 FCC, BCC, HCP 등 다양한 결정 구조를 생성할 수 있습니다. 또한, 사용자는 고유한 구조를 정의하거나 기존 파일에서 구조를 불러올 수 있습니다.결함과 표면 모델링이 도구를 사용하여 진공 층, 곡면, 입계,.. 2024. 4. 25.
GNU(gcc-11.4.0 , gcc-13.2.0) 수동 설치 GNU(gcc-11.4.0 , gcc-13.2.0) 수동 설치참고인터넷이 연결된 상태에서 설치를 진행해보고 파일 구성을 비교하여 설치하면 조금 더 쉽게 진행 할 수 있다.아래 실습 과정은 gcc13.2 버전에 해당하는 과정이다. 원하는 gcc 컴파일러 다운로드 후 압축 풀기# wget https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-13.2.0/gcc-13.2.0.tar.gz# tar zxvf gcc-13.2.0.tar.gz -C /APP/enhpc/source/ 필요한 파일 받기# wget https://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-6.2.1.tar.bz2# wget https://ftp.gnu.org/gnu/mpfr/mpfr-4.1.0.tar.gz# wge.. 2024. 4. 24.
Openblas(고성능 수학 라이브러리의 핵심) 설치 Openblas 소개 OpenBLAS는 Basic Linear Algebra Subprograms (BLAS)의 오픈 소스 구현으로, 고성능 수치 선형 대수 연산을 제공하는 라이브러리입니다. 과학, 공학, 금융 분석, 데이터 과학 등 다양한 분야에서 행렬 연산과 벡터 계산의 효율성을 극대화하기 위해 사용됩니다. OpenBLAS는 GotoBLAS의 후속작으로 시작되어, 다양한 아키텍처에 대해 최적화되어 있으며, 다중 코어 및 하드웨어 가속을 지원합니다. 주요 특징 다양한 아키텍처 지원 OpenBLAS는 Intel, AMD, ARM, MIPS 등 다양한 프로세서 아키텍처를 지원합니다. 이는 OpenBLAS가 폭넓은 하드웨어 환경에서 최적의 성능을 발휘할 수 있게 해줍니다. 자동 최적화 프로세서별 최적화된 커.. 2024. 4. 16.
VASP(vasp.6.3.0) + ONEAPI2023(intel64_v2023) VASP (Vienna Ab initio Simulation Package): 궁극의 양자역학 시뮬레이션 도구 개요 VASP (Vienna Ab initio Simulation Package)는 재료 과학, 고체 물리학, 화학 등의 분야에서 전자 구조, 물질의 특성, 분자 동역학을 연구하기 위한 선도적인 양자역학 시뮬레이션 소프트웨어입니다. 이 프로그램은 오스트리아 빈 대학의 연구 그룹에 의해 개발되었으며, 전 세계적으로 연구자들에 의해 널리 사용됩니다. VASP는 밀도 함수 이론(Density Functional Theory, DFT), Hartree-Fock 방법, 편미분 방정식을 기반으로 한 다양한 고급 계산 모델을 사용하여 물질의 전자 구조와 물리적, 화학적 특성을 예측합니다. 핵심 기능 전자 구.. 2024. 4. 15.
Intel OneAPI Intel OneAPI Intel oneAPI는 개발자들이 CPU, GPU, FPGA와 같은 다양한 아키텍처에서 효율적으로 코드를 작성하고 실행할 수 있게 하는 포괄적인 개발 플랫폼입니다. 이 플랫폼은 하드웨어의 경계를 넘어서서 성능을 최적화하고, 다양한 컴퓨팅 장치 간의 코드 호환성을 증진시키는 것을 목표로 합니다. oneAPI는 Intel의 'write once, run anywhere' 철학에 따라 설계되었으며, 개발자들이 단일 소프트웨어 소스 코드로 다양한 하드웨어에서 애플리케이션을 실행할 수 있도록 지원합니다. 주요 구성 요소 DPC++ / SYCL: Data Parallel C++ (DPC++)은 SYCL을 기반으로 한 확장된 C++ 언어로, CPU, GPU, FPGA 등 다양한 종류의 아키텍.. 2024. 4. 13.
GNU Compiler (gcc, g++, gfortran) GNU Compiler (gcc, g++, gfortran) GNU Compiler Collection (GCC)는 프로그래밍 언어 C, C++, Objective-C, Fortran, Ada, Go, D 등을 위한 컴파일러 모음입니다. GNU 프로젝트의 일환으로 개발되었으며, Richard Stallman이 처음 발표한 이후 오픈 소스 커뮤니티에 의해 지속적으로 발전해 왔습니다. GCC는 자유 소프트웨어 재단(FSF)에 의해 관리되며, GNU 일반 공중 사용 허가서(GPL) 하에 배포됩니다. 이는 GCC를 무료로 사용, 공유, 수정할 수 있음을 의미합니다. 주요 구성 요소 gcc: C 언어를 위한 컴파일러입니다. GNU 프로젝트의 핵심 컴포넌트 중 하나로, 다양한 아키텍처와 운영 체제에서 C 언어 코드.. 2024. 4. 12.
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